Pierwsze materiały dotyczące utworzenia sztucznego zbiornika w tym rejonie pochodzą już z 1905 roku. Uściślenie tych zamysłów stanowiły plany budowy czterech zbiorników na najgroźniejszych dopływach karpackich górnej Wisły – w Rożnowie i Czorsztynie na Dunajcu, Porąbce na Sole i Mucharzu na Skawie. W 1914 roku w miejscowej prasie – Gazecie Podhalańskiej – pojawiły się kolejne wzmianki o projekcie regulacji Dunajca. Chociaż powódź stulecia z 1934 roku spowodowała wiele zniszczeń w tym rejonie, najbliższe lata nie przyniosły konkretnych decyzji. Zmiana nastąpiła dopiero po II wojnie światowej – w nowych warunkach społeczno-gospodarczych PRL-u, kiedy to pomysł budowy zapory stał się bardziej realny.
W latach powojennych rozpatrywano różne koncepcje zapory. Projekt Żmigrodzkiego z 1947 roku zakładał wybudowanie zapory betonowej w Niedzicy. Projekt Czernieckiego z 1952 roku przewidywał budowę zapory ziemnej przy Zielonych Skałkach, powyżej obecnej lokalizacji. W roku 1960 rozważano również zastąpienie zbiornika Czorsztyn szeregiem małych zbiorników rozsianych w dorzeczu Wisły. Jeszcze inna koncepcja zakładała stworzenie zbiornika na Dunajcu, na odcinku pomiędzy Krościenkiem a Tylmanową. W tym samym czasie, w związku z planowanym wzniesieniem zapory, zaprzestano inwestycji budowlanych oraz zaniechano prac remontowych na terenach przeznaczonych pod zalew. Ostatecznie w 1964 roku Komitet Ekonomiczny Rady Ministrów podjął decyzję o budowie betonowej zapory poniżej zamku w Niedzicy ze zbiornikiem wyrównawczym w Sromowcach. W ślad za nią, w kolejnych latach, wykonano badania uzupełniające oraz opracowano projekt wstępny.
Po podziale inwestycji na zadania w 1971 rozpoczęto zagospodarowanie otoczenia zbiornika. Wkrótce, w wyniku aktualizacji założeń techniczno-ekonomicznych, zmieniono typ zapory na ziemną. Budowę obiektów podstawowych rozpoczęto w 1975 roku. Niestety ograniczenia finansowe wykonawcy budowy, protesty społeczne miejscowej ludności oraz środowiska ekologów, przeciągnęły realizację tego przedsięwzięcia do końca lat 80-tych. Dopiero w połowie lat dziewięćdziesiątych zakończono sypanie korpusu zapory i rozpoczęto roboty wykończeniowe. Ostatecznie budowę górnej części korpusu zapory zakończono w 1995 r., a dwa lata później po zakończeniu budowy pozostałych obiektów oddano ją do eksploatacji.
Wzniesienie zapory niosło za sobą nader pozytywne skutki. Po raz kolejny podjęto skuteczną próbę ubezwłasnowolnienia rzeki Dunajec. Jezioro Czorsztyńskie spowodowało znaczną zmianę i redukcję fali wezbraniowej, zmniejszając przepływ kulminacyjny wód na Dunajcu prawie trzykrotnie. Skuteczność zapory najlepiej obrazuje fakt, iż w dniu oficjalnego jej otwarcia 9 lipca 1997 roku, podczas tzw. powodzi tysiąclecia (lipiec 1997), fala kulminacyjna została znacznie zredukowana. Powódź ta bezdyskusyjnie zasłużyła na swoje miano bowiem poziom wody przewyższał wówczas ten z pamiętnego roku 1934. Swoim zasięgiem objęła południową Polskę, Czechy, wschodnie Niemcy, północno-zachodnią Słowację oraz wschodnią Austrie.
W wyniku budowy zapory zwiększono również naturalny przepływy Dunajca oraz dyspozycyjność zasobów wodnych. Rozwiązało to ostatecznie nie tylko problem częstego niedoboru wody pitnej jaki tutaj występował przed wybudowaniem zapory, ale również zachowania optymalnego poziomu Dunajca na potrzeby spływu przez Przełom Pieniński. Jest on najstarszą i największą atrakcją turystyczną regionu, a zarazem największym pracodawcą sezonowym dla flisaków będącymi mieszkańcami okolicznych miejscowości.
Zapora zlokalizowana jest we wschodniej części Kotliny Nowotarskiej pod Czorsztynem pomiędzy wzniesieniami Groby (604 m. n.p.m.) oraz Piekiełko (661 m. n.p.m.), pomiędzy Pieninami Spiskimi a Właściwymi. Na lokalizację wykorzystano przewężenie doliny Dunajca stanowiące Przełom Czorsztyński przez Pieniny. Obiekt jest budowlą typu ziemnego, sypaną z miejscowych żwirów, otoczaków, uszczelniona rdzeniem z gliny umieszczonej w centralnej części korpusu. Ma 404 metrów długości i 56 metrów wysokość. Jej sztuczny spad wynosi 40-50 metrów i jest najwyższy wśród wszystkich małopolskich zapór. Szerokość zapory w koronie, na której znajduje się droga służbowa, wynosi 7 metrów.
Przy zaporze głównej w Niedzicy znajduje się elektrownia przepływowa, szczytowo-pompowa. W celu produkcji energii elektrycznej wykorzystuje ona powstające spiętrzenie wód i wyrównawcze działanie zbiornika. Elektrownia oddaje energię do sieci w okresach jej szczytowych zapotrzebowań dobowych (godzinach największego zapotrzebowania w ciągu dnia). Elektrownia ma możliwość przechodzenia do pracy pompowej w okresach zmniejszonych obciążeń systemu energetycznego – godzinach nocnych, kiedy energia jest tania i jest jej dużo. Wówczas woda pompowana jest z dolnego zbiornika do górnego. Następnego dnia jest ona wykorzystywana do napędzania turbin. Pompowanie wody ze zbiornika wyrównawczego Sromowce do zbiornika głównego uniezależnia pracę szczytową elektrowni od chwilowych dopływów do tego zbiornika i od prowadzonej przez niego gospodarki wodnej dla potrzeb podniesienia przepływów minimalnych Dunajca i Wisły. Elektrownia ma bardzo krótki czas uruchomienia, który wynosi 3-4 min, charakterystyczny dla tego rodzaju elektrowni.
Elektrownia najprawdopodobniej jest jedynym obiektem tego typu w Małopolsce udostępnianym do zwiedzania. Wycieczki z przewodnikiem obejmują halę turbinową, wewnętrzną halą balkonową, koronę główną zapory oraz podziemny tunel.
Zapora jest własnością Zespołu Elektrowni Wodnych "Niedzica" S.A. Nie bez powodu na patrona tego przedsięwzięcia wybrano Gabriela Narutowicza, pierwszego Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej, a przede wszystkim cenionego inżyniera hydrotechnika, twórcy szeregu podobnych obiektów w Szwajcarii. Był on jednym z konsultantów projektu budowy zapory w Niedzicy, które powstały w latach dwudziestych ubiegłego wieku.
W wyniku zalania terenów doliny Kotliny Nowotarskiej pomiędzy Gorcami a Pieninami powstał zbiornik wodny o długości 9 km i 1,5 km szerokości. Głębokość zbiornika jest zróżnicowana. U dopływu zbiornika, gdzie uchodzi Dunajec, znajdują się płycizny. Dno jeziora stopniowo obniża się w kierunku zapory gdzie głębokość może osiągnąć nawet do 50 metrów. Długość linii brzegowej wynosi 29,7 km.
Moc żywiołów Dunajca, którą zapora w Czorsztynie okiełznała najlepiej, obrazuje trójwymiarowe malowidło o tym samym tytule. Obraz znajduje się na koronie zapory, wzdłuż której prowadzi droga służbowa. Całe dzieło mierzy 34 metry długości i przedstawia zapadniętą strukturę zalewaną wodospadami z odsłoniętymi w głębi turbinami i sylwetkami ludzi, widzianymi z oddali. Efekt trójwymiarowości obrazu można uzyskać stojąc w ściśle określonym miejscu oznaczonym na malowidle. Dzieło „Moc Żywiołów” zostało zwycięzcą prestiżowego konkursu Wielkie Odkrywanie Małopolski w kategorii Atrakcja Turystyczna. Podziwiać je można od 1 kwietnia 2011 roku. Malowidło ma na celu przedstawienie turystom dydaktycznych aspektów funkcjonowania elektrowni wodnej w niecodzienny, bardziej przemawiający do wyobraźni sposób. Dzięki temu dziełu samemu można ocenić bezkresną moc drzemiącą w Dunajcu.